UV sisteminin ekonomisi aşağıdaki faktörler tarafından belirlenir: ekipman maliyeti ve ömrü; elektriksel verimlilik; operasyon sırasında sterilizasyon etkisindeki azalma derecesi; elektrik maliyetleri, vb. Ultraviyole dezenfeksiyon sisteminin ekonomik analizi henüz bir sonuca varmamıştır. Farklı sonuçlara sahip birçok analiz raporu var. Ultraviyole dezenfeksiyon cihazının çok elektrik harcadığı, ekipmanın bakım ve maliyetinin yüksek olduğu görüşleri var. Büyük sistemler için, ekipman yatırımı ozon sisteminden daha yüksektir ve işletim maliyeti ozonunkine benzerdir; ancak küçük saf su üretim sistemi için yatırım ozon cihazından daha düşüktür. Binlerce ton / gün veya daha fazla arıtma ölçekleri için UV dezenfeksiyon sisteminin yatırım ve işletme maliyetlerinin çok avantajlı olduğu, bunun da klorlama ve ozon dezenfeksiyon maliyetlerinden çok daha düşük olduğu görüşleri vardır. Örneğin, nüfusu 10 ila 25.000 arasında değişen küçük bir içme suyu arıtma tesisi kurarken, yaklaşık ultraviyole, klor dioksit ve ozon dezenfeksiyon maliyetlerinin yaklaşık oranının 1: 4: (8-9) olduğuna dair analitik veri raporları bulunmaktadır. Nüfus 500.000'den fazla sosyal kuruluş için, maliyet oranı yaklaşık 1: 2.5: 2.5'tir.
Bu maliyet tahminleri, UV olmayan dezenfeksiyon işlemlerini kullanırken dezenfeksiyon yan ürünlerini ve kriptosporidium kistlerini ortadan kaldırmanın ek maliyetini içermez. Ek olarak, analiz verileri, ultraviyole dezenfeksiyonun yatırım ve işletme maliyetlerinin klor dezenfeksiyonundan daha düşük olduğunu ve dezenfeksiyon maliyetinin klorinkinin yaklaşık yarısı olduğunu, ancak su arıtma ölçeğinin genişlemesi ile farkın azaldığını göstermektedir.
Fransa'da ve eski Sovyetler Birliği'nde ultraviyole dezenfeksiyon küçük ekipmanlarla sınırlıydı. Kurulan büyük ekipman, ultraviyole lambaları filtrelenmiş su şebekesine seri olarak monte etmekti. Amerika Birleşik Devletleri'nde ultraviyole dezenfeksiyon küçük ekipman ve yüzme havuzlarıyla da sınırlıdır ve genellikle diğer dezenfektanlarla birleştirilir. Ancak pratik uygulamalarda ultraviyole dezenfeksiyonu kullanan içme suyu tesislerinin ölçeğinin günde 1,5 milyon tonu aştığı bildirilmiştir.